「受信したメール」の添付にメールのデータがある場合、
3: >t/plain 4: >t/htmlが現れ、
「添付メールの中にある添付ファイル」が
受信したメールと混合されます。
これはなんとかならないでしょうか？
添付欄に「xxxx.eml」がそのまま表示されてほしいのですが…

HTMLメールをTEXT形式で表示しているのが原因だと思われます
メニュー → ツール → 全般的な設定 → メール表示　の
右下の方にある　HTMLの表示　で　HTML表示　にすることで
改善しませんか？（TEXT表示になってませんか？）

ただし（セキュリティ対策の一環として）運用上
意図的にTEXT表示にしている場合
変えられないといったことがあるかもしれません
その場合どうしようもないと思います
（ご自身で判断・確認してください）